A Copa do Mundo de 2006, na Alemanha, ficou marcada pela única atuação de Rogério Ceni em Mundiais. O goleiro entrou aos 37 minutos do segundo tempo, substituindo Dida, na partida entre Brasil e Japão. Foi o seu único jogo no torneio.
Antes do confronto, o técnico Carlos Alberto Parreira poupou titulares após duas vitórias nos primeiros jogos. Foram chamados Cicinho, Gilberto, Gilberto Silva, Juninho Pernambucano e Robinho para entrar no time, em detrimento de Cafu, Roberto Carlos, Emerson, Zé Roberto e Adriano.
A partida terminou com goleada do Brasil, por 4 a 1. Tamada abriu o placar para o Japão aos 34 minutos do primeiro tempo. Ronaldo empatou aos 46. Juninho virou aos 8 minutos da segunda etapa, Gilberto ampliou aos 14 e Ronaldo Fenômeno fechou aos 37. A escalação brasileira teve Dida, Cicinho, Lúcio, Juan, Gilberto, Gilberto Silva, Juninho, Kaká, Ronaldinho Gaúcho, Robinho e Ronaldo.
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